La historia rodea a un mayor y un poco más maduro Naruto Uzumaki y su aventura para rescatar a su amigo Sasuke Uchiha de las garras del Orochimaru, antes de que este utilize el cuerpo de su amigo. Sakura también se unirá a su viaje, por la que comienza a entrenar con Tsunade. Tras 2 años y medio entrenando con Jiraiya, Naruto regresa a Konoha, y se decide alcanzar su sueño de una buena vez, aunque no será nada fácil. Ahora ha formado más enemigos dentro de la Organización Shinobi, Akatsuki que siguen buscando el demonio en su interior. Ahora, 3 años después de los eventos de Naruto, el viaje del muchacho para volverse Hokage continúa...