Naruto y Sakura son transportados a un mundo en el que los padres de Sakura son los héroes fallecidos de la villa y los de Naruto vuelven a estar vivos.
Los Akatsuki, un grupo de ninjas que se suponía muertos, atacan la Villa Oculta de la Hoja. Por fortuna, los ninjas más jóvenes logran interceptar al enemigo y sus familias les elogian por ello. Sin embargo, Naruto, que ni siquiera conoció a sus padres, no puede evitar sentirse solo... Entonces aparece el enmascarado Madara Uchiha y ataca tanto a Naruto como a Sakura con un nuevo jutsu ocular misterioso. De repente, el enmascarado desaparece y la paz regresa a la Villa Oculta de la Hoja, pero algo anda mal con sus amigos… ¡sus personalidades son completamente opuestas a las de antes! Además, ahora Sakura es la hija de los héroes que dieron sus vidas para salvar la villa y los padres de Naruto, a quien por algún motivo todo el mundo llama Menma, vuelven a estar vivos.