Tras una larga persecución, Naruto finalmente alcanza a un Sasuke completamente perdido y atormentado por las palabras de su hermano Itachi. Por desgracia, la única forma de hacerle entrar en razón es mediante un feroz combate que enfrenta el Chidori de Naruto tras desatar el poder del Nueve Colas contra el Rasengan de Sasuke después de activar su sello maldito. Tras el desenlace de esta lucha de consecuencias imprevisibles, Jiraiya decide levantar el ánimo de Naruto y Sakura llevándoselos con él a una misión de nivel Super S en el país de los campos de arroz. Pero la misión en cuestión les conduce directamente hasta la guarida secreta de Orochimaru de donde, si son capaces de sobrevivir, tal vez regresen con alguna pista acerca del paradero de Sasuke…