En el siglo XXV y tras un desastre industrial, la humanidad se ha visto reducida a 5 millones de habitantes que viven en una ciudad controlada por cámaras de seguridad y rodeada por un muro. Aunque nadie lo sabe, el único modo de reproducción es la clonación. Aeon Flux pertenece aun grupo de rebeldes y será la encargada de proteger la comunidad de las innumerables amenazas.